נפש רוח ונשמה, וניצוצי הנפש
החלק הרוחני המחייה את גוף האדם הוא מתפרט לכמה חלקים: נפש, רוח, נשמה ועוד. לגוים יש נפש, יהודי עד גיל בר מצוה יש לו נפש, ולאחר מכן כשהוא בא להיטהר הקב"ה מסייעו, וזאת ע"י שנותן בו נשמה קדושה עליונה שהיא לו לסמך ולעזר לעבודת ה' יתברך, והנשמה מסייעת לו בעולם הזה ובעולם הבא. ועל כך עושים שמחה עצומה ביום הבר מצוה, באותה העת שזוכה האיש הישראלי להיכנס לנועם התורה והמצוות (זוהר חדש).
בבוא העת, הנשמה מסתלקת מהגוף, ולאחר זמן מה מהפטירה גם הנפש עולה אל מקום מנוחתה הראוי לה, אך לכל אחד מבני ישראל – נשאר בתוככי עצם לוז ניצוצי הנפש [הנקרא הבלא דגרמי, וכן קיסטא דחיותא], ומכוחם יקום לעתיד לבוא לתחיית המתים (זוהר).
זמנים הראויים לבוא לקברי הנפטרים
ובזוהר הקדוש פרשת בלק מגלה, שישנם זמנים מיוחדים בשנה, שבהם הנשמות שבגן עדן באות ופוקדות את ניצוצי הנפש שנשארו בקבר, והם בימי ניסן ותשרי.
ומפני כך, מנהג ישראל לעלות לקברי הנפטרים בערב ראש חודש ניסן, כי בימים אלו נשמות הנפטרים פוקדות את הקברים. ובאופן כללי, הזמן המובחר להשתטח על קברי צדיקים, הוא בערב ראש חודש, וכן בט"ו לחודש (האריז"ל). ומובא בספר חסידים שיש הנאה לנפטרים כאשר קרוביהם באים לקבריהם, ומבקשים על נשמתן. וגם כאשר מבקשים מהם שיעמדו בתפלה לפני הקב"ה, הם נענים ומתפללים על החיים.

פרטים מעשיים והנחת אבן
מלבד לימוד התורה שאומרים על הקבר, נוהגים עוד להדליק נרות לעילוי נשמת הנפטרים, ובעת ההדלקה יזכיר את שם הנפטר בפיו. וטוב וראוי לתת צדקה עבור הנפטר, כי דבר זה מועיל יותר מההשכבה (ספר "יוסף אומץ"). ומניחים יד שמאל על הקבר ולא יד ימין (החיד"א).
יש שנוהגים קודם שהולכים מהקבר מניחים איזה אבן על המצבה, והוא משום כבוד המת להראות שהיו על קברו (כף החיים), ויש בכך סגולה שלא ישכח תלמודו בקוראו הכתב שעל גבי הקבר (יוסף אומץ). אולם, סבי המקובל הרב סלמאן מוצפי זצוק"ל היה מניח אבן בבואו לקבר, והוא לסימן הזמנה לנשמה שתבוא לשמוע את דברי התורה שאומרים על הקבר, והיה מקפיד בצאתו להסיר את האבן, לרמז שנשמה תחזור למקומה, וכן היה מסלק גם את האבנים שראה על גבי מצבות הצדיקים.


